В 1988 году впервые публично заявил о своей гомосексуальности во время интервью радиостанции Би-Би-Си. В 1990 году стал одним из первых открытых геев, удостоенных рыцарского титула. Является активистом британского движения за права сексуальных и гендерных меньшинств.
Сэр Иэн поддержал Московский гей-парад, наш Мануэль тоже и петербургский ЛГБТ-кинофестиваль «Бок о Бок». В 2011 году, за отказ проводить гей-парады в Москве, Маккеллен назвал мэра города Сергея Собянина «трусом».
В январе 2014 года стал одним из инициаторов написания открытого письма президенту РФ Владимиру Путину с призывом отменить закон о гей-пропаганде. В число поставивших подписи под посланием Путину вошли 27 лауреатов Нобелевской премии