@Мавка, какой ритм занятиями бегом? Темп, дистанция, профиль местности и т.д.? как болят колени и где?
Может это растяжка сухожилия? Попробуйте не бегать около двух недель, должно пройти, без лекарств.
Я делал себе массаж ног, брал специальное масло для массажа, когда были боли в мышцах ног и сухожилиях. несколько раз перегружал ноги так, что думал до дома не добегу.