Происхождение слова "секта", на сколько я понимаю происходит от греческого слова "сектор", т.е. часть. Вот взять допустим протестантов , у православных есть всё что у них, т.е. Писание, но есть ещё и Предание и иконы, а у католиков скульптуры.
И вот поэтому в отношении православных и католиков протестанты это секта, т.е часть того что есть у них.
В моём понимании этимология слова такая и первоначально не носила негативный оттенок.