@Anarhist, не признает - подразумевается что не станет совершать церковный обряд венчания для однополой пары.
Я вижу тут два очевидных нюанса:
Церковь не сможет отличить транссексуала от натурала.
Церковь вроде как и гражданский брак (зарегистрированный в ЗАГСе) не считает браком.