Стимул по времени кратковременный, но более ориентирован на действие - вот прямо здесь и сейчас. И именно это. Когда, например, провоцируют, берут на "слабо".
Мотивация - долгосрочное обоснование, подталкивающее к поставленной цели. Мотивация может быть личная и социально обусловленная. "не хуже других". Или реализация каких-то личных потребностей.
Мотивация, как правило, базируется на шкале ценностей - "растёт" из неё.
А стимул - это внешне обусловленное нечто, "пинок" мира.