В СССР существование секретных протоколов категорически отрицалось. По словам руководителя аппарата президента СССР[13] Валерия Болдина, они хранились в личном сейфе Сталина, а в дальнейшем — в архиве ЦК КПСС[14].
В 1948 году, в ответ на публикацию сборника Госдепартамента США «Nazi-Soviet relations», Совинформбюро опубликовало книгу «Фальсификаторы истории», в которой выдвигались встречные обвинения странам Запада и содержались утверждения о финансировании Германии английскими и американскими финансовыми кругами в 1930-е годы[15]. В отличие от издания Госдепартамента США, представлявшего собой сборник архивных документов, советское издание представляло собой авторский текст; в нём не было приведено ни одного документа полностью и несколько — в незначительных выдержках[16]. Существование секретного протокола отрицалось Молотовым до самой смерти, о чём он неоднократно говорил в беседах с писателем Чуевым[17].
Вопрос о Пакте Молотова - Риббентропа и, особенно, о секретном приложении к нему был поднят в СССР во время перестройки, прежде всего — из-за давления со стороны Польши. Для изучения вопроса была создана особая комиссия во главе с секретарём ЦК КПСС Александром Яковлевым. 24 декабря 1989 года Съезд народных депутатов СССР, заслушав доложенные Яковлевым выводы комиссии, принял резолюцию, в которой осудил протокол (отметив отсутствие подлинников, но признав его подлинность, основываясь на графологической, фототехнической и лексической экспертизе копий, и соответствия их содержания последующим событиям)[18]. Тогда же впервые в СССР был опубликован текст секретных протоколов (по немецкому микрофильму — «Вопросы истории», № 6, 1989).
Советский оригинал протокола хранился в Общем отделе ЦК КПСС (ныне Архив Президента РФ), Особая папка, пакет № 34. По словам историка Льва Безыменского, содержимое этого пакета скрывалось Михаилом Горбачёвым, знавшим о его существовании ещё с 1987 года[19], причём Горбачёв, по словам его управделами Болдина, намекал ему на желательность уничтожения этого документа[14].